Le message évangélique est annoncé à tous dans le respect de la liberté de conscience. La catéchèse est assurée par les éducateurs, dans les horaires normaux de la journée scolaire, à tous les niveaux d'âge. Elle n'a jamais de caractère facultatif. La prière, la vie liturgique, la vie sacramentelle, sources de Foi et de Grâces, sont organisées dans l'école pour les éducateurs et pour les élèves et présentées comme essentielles à la vie chrétienne. Chacun est invité à y participer librement.

Au sein de l'école, les élèves peuvent se préparer à recevoir les sacrements de l'eucharistie (habituellement en primaire, parfois plus tard) et de la confirmation (à partir de la troisième). Quelques d'élèves, de plus en plus nombreux, demandent également à recevoir le Baptême. Une préparation spécifique est alors mise en place. Il est également possible de se préparer à la profession de foi en cinquième.

Nous sommes aidés dans cette tâche par des prêtres et en particulier l'abbé David Cenzon curé de la paroisse de Lectoure.

L’école Saint Joseph favorise la participation de ses élèves à des mouvements de jeunes ou à des groupements de spiritualité. Elle a ainsi le souci de travailler avec les paroisses et les services diocésains. Cependant, l'école Saint Joseph est ouverte à tous ceux qui reconnaissent et admettent son caractère propre d'école catholique. Ceux qui n'ont pas la foi ou qui y sont peu éveillés peuvent très bien être inscrits : leur liberté de conscience sera respectée. Mais il leur est demandé d'avoir une attitude respectueuse de la foi de leurs camarades qu'ils ne doivent pas gêner.