L’enseignement qu'offre Saint-Joseph aux divers niveaux (école primaire, collèges de Lectoure et de Fleurance, lycée Saint-Jean) est conforme aux programmes officiels. Notre école étant liée par contrat avec l'état, les enseignants sont rémunérés par celui-ci. Ils sont tenus à avoir les mêmes diplômes que dans l'enseignement public, à suivre les mêmes programmes scolaires. Ils sont suivis par les mêmes inspecteurs pédagogiques.

Les maîtres suivent avec attention le travail de leurs élèves. Ils se retrouvent régulièrement pour faire le point et ont le souci de travailler en collaboration étroite avec les familles. Des rencontres parents enseignants sont programmées plusieurs fois dans l'année, mais les maîtres ou les responsables de cycle sont à la disposition des familles pour des entretiens particuliers si celles-ci le souhaitent.

L’école se propose de donner à tous un enseignement adapté. Des structures de soutien sont mises en place à tous les niveaux sous des formes diverses, mais des formations plus exigeantes sont proposées aux élèves qui souhaitent et veulent approfondir et élargir leurs connaissances : langues anciennes, informatique, musique.